根据《中华人民共和国房产税暂行条例》（国发〔1986〕90号）规定：“第三条 ……房产出租的，以房产租金收入为房产税的计税依据。第四条 房产税的税率，依照房产余值计算缴纳的，税率为1.2%；依照房产租金收入计算缴纳的，税率为12%。” 根据《财政部、国家税务总局关于廉租住房经济适用住房和住房租赁有关税收政策的通知》（财税〔2008〕24号 ）第二条第（四）款规定：“对企事业单位、社会团体以及其他组织按市场价格向个人出租用于居住的住房，减按4％的税率征收房产税。” 因此，公司向员工收取低于市场价的房租，可以依照房产租金收入计算缴纳的房产税，税率为4%。